Phí bảo vệ môi trường đối với nước thải được xây dựng trên nguyên tắc “người gây ô nhiễm phải trả” nhằm tạo động lực để các doanh nghiệp giảm thiểu ô nhiễm, đồng thời, tạo nguồn thu để chi trả cho các hoạt động bảo vệ môi trường (BVMT). Tuy nhiên, sau một thời gian áp dụng (từ ngày 1.7.2017), Nghị định số 154/2016/NĐ-CP về Phí bảo vệ môi trường đối với nước thải đã nảy sinh không ít bất cập từ phương thức tính phí.